Vznik obce se nedá přesně určit. První písemná zmínka o Bukovině je z 10. 3. 1399, kdy bylo v klášterských knihách uvedeno, že Petr Matějův z Bukoviny dosáhl nižšího svěcení. Horní Bukovina se jako osada Podbukovina připomíná prvně v roce 1556 (v lidovém podání se udržel dodnes), jisté však je, že již dříve při Zábrdce bylo několik stavení. Po vypálení kláštera v roce 1420 nebyl tento již obnoven a ves Bukovina přecházela spolu s jinými osadami z majitele na majitele, které lze rovněž dnes těžko zjistit. Původní název Bukovina a Podbukovina dokazují staré gruntovní knihy z roku 1561. 4. května roku 1556 koupil Bukovinu i Podbukovinu Jiří z Labouně. Jeho potomci majetek prodali 2. února roku 1612 Václavu Bundovcovi z Budova. Po jeho popravě na Staroměstském náměstí v Praze byl jeho majetek konfiskován a roku 1622 jej koupil Albrecht z Waldštejna. Přejmenování bukovinského dvora na “Kristiánov” vzniklo na počest Kristiána Waldštejna, který dal sešlé panské budovy v roce 1834 nově přestavět. Toto pojmenování bylo užíváno jen správou panství, mezi lidem se neujalo a po roce 1915 upadlo v zapomnění. V majetku Waldštejnů zůstalo celé hradištské panství s oběma Bukovinami až do zrušení roboty v roce 1848. Některé majetky vlastnili Waldštejnové až do roku 1945. Dnešní oficiální název Horní a Dolní Bukovina vznikl konce 18. století překladem z německého názvu “Ober Bukovin a Unter Bukovin”.
Od roku 1757 až do poloviny 19. století se připomíná v Bukovině škola, která však působila pouze přechodně.
V roce 1763 byl vystavěn Podbukovinský mlýn, i když mlýn v Bukovině se připomíná již v 16. století.
V roce 1846 byla vytvořena politická obec Bukovina, která sdružovala Bílou Hlínu, Habr, Klášter a Horní a Dolní Bukovinu. Toto seskupení obcí bylo však rozděleno v roce 1920, kdy vznikly samostatné obce Bílá Hlína, Klášter Hradiště a Horní Bukovina s osadou Dolní Bukovina.
V roce 1866 probíhala v blízkosti okolí obce prusko-rakouská válka, o čemž svědčí mnoho pomníků a společných hrobů v katastru obce. Po této válce se zde rozšířila epidemie cholery, která si vyžádala stovky obětí. Jenom v Bukovině podlehlo během měsíce 20 místních občanů.
Neblahé důsledky pro zdejší obec měla i 1. Světová válka, ve které zahynulo 14 bukovinských mužů. Nelehký život připravila místním občanům i 2. Světová válka, kdy některé jejich polnosti byly na tehdejším katastru Sudet a blízké obce Rokytá a Krupá byly na tzv. německé straně.
V roce 1937 na velké lidové slavnosti 4. července bylo slavnostně otevřeno koupaliště v Dolní Bukovině, které si obec postavila z vlastních peněz, za velkého nadšení i finanční pomoci místních občanů. Bukovinské koupaliště leží v klidné lesnaté krajině údolí potoka Zábrdky na pokraji Českého ráje a je pokládáno za jedno z nejhezčích v okolí.
V roce 1960 došlo ke sloučení Bílé Hlíny s Horní Bukovinou, a tak MNV v Horní Bukovině spravoval Bílou Hlínu, Horní a Dolní Bukovinu s chatovou osadou. V roce 1990 se Bílá Hlína opět osamostatnila.
